Demuestra la existencia de un proceso de cambio, mediante la presencia de restos fósiles de flora y fauna extinguida y su distribución en los estratos. Numerosas formas indican puentes entre dos grupos de seres, como es una forma intermedia entre reptil y ave presentada por el Archaeopteryx, verdadero ejemplo de la evolución desde los pequeños dinosaurios del Mesozoico y las aves actuales.Otro ejemplo es la evolución de los caballos para adaptarse a las grandes praderas abiertas por las que corrían.
Prueba bioquímica comparada
Se han encontrado homologías de carácter bioquímico que constituyen una de las características más destacables de la escala evolutiva. Ejemplo: la hemoglobina de los eritrocitos sólo se diferencia en 12 aminoácidos entre un humano y un chimpancé; básicamente presenta la misma estructura en todos los vertebrados.
Prueba embriológica
En todas las especies se encuentran características ancestrales similares en el desarrollo embrionario, y que desaparecen durante dicho proceso. Por este hecho, Ernst Haeckel enunció en 1866 la teoría de la recapitulación que se resume en: la ontogenia es una recapitulación de la filogenia, es decir, la ontogénesis o desarrollo individual, es un compendio de la filogénesis o desarrollo histórico de la especie.
Pruebas anatómicas
Las especies tienen órganos homólogos, es decir, que tienen la misma estructura pero realizan distintas funciones. Estos individuos que presentan estos órganos tienen el mismo antecesor siendo así una evolucion divergente o divergencia adaptativa en el que los individuos se adaptan a los ambientes donde viven o a sus formas de vida.
Los órganos análogos son organos que al adaptarse al mismo ambiente tienen la misma funcion pero ni su origen de los individuos ni sus estructuras son iguales. Estos individuos presentan una convergencia adaptativa. Ej: las alas de una mariposa y de un murcielago
Los organos vestigiales son organos atrofiados que hoy en dia no tienen ninguna funcion pero que realizaba una funcion en el pasado. Son organos pocos desarrollados.
Pruebas biogeográficas
Se basan en el estudio de la distribucion geografica de los seres vivos. Se basa en la teoria de Pangea en el pasado.
Cuanto mas alejados esten 2 zonas, mas diferencia hay entre los seres vivos porque siguen distinta evolucion al estar mas separadas y tener condiciones de vida y ambientales distintos.
Cuanto mas tarde se hayan separado los continentes, menos diferencia va a haber entre las especies. Hoy en dia hay especies diferentes en los seres vivos que tuvieron un antepasado común
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